Nadirsyah Hosen, seorang akademisi dari Universitas Melbourne, memberikan tanggapan terhadap pernyataan kontroversial mengenai peran pesantren dalam era modern. Dalam komentar yang diunggahnya, Nadirsyah menyoroti pandangan bahwa pesantren tidak sesuai dengan zaman saat ini. Ia menegaskan bahwa pandangan yang mengklaim bahwa Islam hanya bisa modern jika bersifat sekuler merupakan pandangan yang keliru. Menurut Nadirsyah, memisahkan agama dari sains untuk kemajuan tidak lagi relevan dengan zaman sekarang, karena pandangan tersebut lebih cocok untuk abad ke-18 daripada untuk Islam.
Nadirsyah juga membuktikan bahwa Islam sendiri telah menjadi landasan bagi perkembangan sains. Ia mengutip karya sejarawan Marshall Hodgson yang menyatakan bahwa Islam telah mendorong kemajuan dalam bidang sains. Nadirsyah juga menyoroti pandangan yang salah mengenai santri, seperti pandangan kritis terhadap demokrasi dan HAM, serta anggapan bahwa gaya hidup sederhana dan menggunakan sarung di pesantren dianggap ketinggalan zaman.
Nadirsyah menegaskan bahwa pandangan tersebut keliru karena gagal memahami konsep modernitas dan esensi dari pesantren itu sendiri. Pesantren bukan hanya tempat pendidikan agama, tetapi juga menjadi tempat untuk membentuk individu yang cerdas, berpikir kritis, namun tetap menghargai guru mereka. Pesantren bukan hanya menjunjung tradisi, namun juga berada di jalur tengah antara tradisi dan modernitas dalam menciptakan manusia yang berwawasan luas.
